La CEPBU collabore avec les autres organisations et associations tant nationales qu’International à savoir :
Au Burundi
- UNICEF
- FAO
- PNUD
- ISABU et DPAE
A l´étranger
- Les Eglises de Pentecôte de Suède
- Les Eglises de Pentecôte de Finlande
- PMU Inter Life en Suède
- Geneva Global en Amérique
- Solidarité Protestante en Belgique
- Fida International en Finlande
- IBRA RADIO
En outre, la CEPBU collabore étroitement avec l’Etat du Burundi avec lequel elle a signé quatre conventions à savoir :
- La Convention Générale de Coopération entre le Gouvernement de la République du Burundi et l’organisation Non Gouvernementale la Mission Libre Suédoise (MLS) représentée par la CEPBU.
- La convention Scolaire entre l’Etat du Burundi et la Communauté des Eglises de Pentecôte au Burundi (CEPBU) ;
- La convention médicale entre le Gouvernement du Burundi et la Communauté des Eglises de Pentecôte au Burundi (CEPBU) pour la Gestion des Centres de Santé.
- La convention d’encadrement militaire entre le Gouvernement de la République du Burundi et la Communauté des Eglises de Pentecôte au Burundi (CEPBU)